Непубличная Библиотека имени Книжникова была основана в 1991 году на базе Советской Непубличной Библиотеки (1978-1990).
Центральный штаб находится в Москве. В Петербурге расположен департамент библиотеки по Санкт-Петербургу и Ленинградской области. Филиалы расположены во всех крупных городах и региональных центрах страны.
Петербургский департамент до 2003 года располагался в здании Российской Национальной Библиотеки на Садовой улице, 18. Затем в 2003 году завершилось строительство нового здания на Московском проспекте. Проект его был разработан в ЛенНИИпроект, а именно в мастерской № 6. Над ним работали архитекторы Щербин Владимир Николаевич, Варшавская Лидия Константиновна, инженер Трусова Л. В., при участии архитектора Кисельгофа М. Е. Работы над проектом начались еще в 1975 году, утвержден он был в 1985. Строительство завершилось лишь в 21 веке, однако в облике здания отчетливо угадываются черты советской архитектуры 70х годов.